《国税庁、事務運営指針》地方法人税に係る加算税の取扱いについて
国税庁は、このほど「地方法人税に係る加算税の取扱いについて（事務運営指針）」を公表し
ましたので紹介します。
ましたので紹介します。
これによりますと、国税通則法（以下「通則法」といいます。）第65条、第66条及び第68条第
1項又は第2項の規定の適用に関し留意すべき事項等を下記のとおり定め、地方法人税の過少申告
加算税、無申告加算税及び重加算税の賦課に関する取扱基準の整備等を図ったものとしています。
1項又は第2項の規定の適用に関し留意すべき事項等を下記のとおり定め、地方法人税の過少申告
加算税、無申告加算税及び重加算税の賦課に関する取扱基準の整備等を図ったものとしています。
第１ 過少申告加算税の取扱い
（過少申告の場合における正当な理由があると認められる事実）
１ 通則法第65条の規定の適用に当たり、例えば、納税者の責めに帰すべき事由のない次のよ
うな事実は、同条第4項に規定する正当な理由があると認められる事実として取り扱う。
（１）税法の解釈に関し、申告書提出後新たに法令解釈が明確化されたため、その法令解釈と
法人の解釈とが異なることとなった場合において、その法人の解釈について相当の理由が
あると認められること。
（注）税法の不知若しくは誤解又は事実誤認に基づくものはこれに当たらない。
（２）法人税の調査により引当金等の損金不算入額が法人の計算額より減少したことに伴い、
その減少した金額を認容した場合に、翌事業年度においていわゆる洗替計算による引当金
等の益金算入額が過少となるためこれを税務計算上否認（いわゆるかえり否認）したこと
により基準法人税額が増加したこと。
（３）地方法人税の申告書に記載された税額（以下「申告税額」という。)につき、通則法第24
条の規定による減額更正（通則法第23条の規定による更正の請求に基づいてされたものを
除く。)があった場合において、その後の修正申告又は通則法第26条の規定による再更正に
よる税額が申告税額に達しないこと。
（注）当該修正申告又は再更正による税額が申告税額を超えた場合であっても、当該修正申
告又は再更正により納付することとなる税額のうち申告税額に達するまでの税額は、こ
の（３）の事実に基づくものと同様に取り扱う。
うな事実は、同条第4項に規定する正当な理由があると認められる事実として取り扱う。
（１）税法の解釈に関し、申告書提出後新たに法令解釈が明確化されたため、その法令解釈と
法人の解釈とが異なることとなった場合において、その法人の解釈について相当の理由が
あると認められること。
（注）税法の不知若しくは誤解又は事実誤認に基づくものはこれに当たらない。
（２）法人税の調査により引当金等の損金不算入額が法人の計算額より減少したことに伴い、
その減少した金額を認容した場合に、翌事業年度においていわゆる洗替計算による引当金
等の益金算入額が過少となるためこれを税務計算上否認（いわゆるかえり否認）したこと
により基準法人税額が増加したこと。
（３）地方法人税の申告書に記載された税額（以下「申告税額」という。)につき、通則法第24
条の規定による減額更正（通則法第23条の規定による更正の請求に基づいてされたものを
除く。)があった場合において、その後の修正申告又は通則法第26条の規定による再更正に
よる税額が申告税額に達しないこと。
（注）当該修正申告又は再更正による税額が申告税額を超えた場合であっても、当該修正申
告又は再更正により納付することとなる税額のうち申告税額に達するまでの税額は、こ
の（３）の事実に基づくものと同様に取り扱う。
（修正申告書の提出が更正があるべきことを予知してされたと認められる場合）
２ 通則法第65条第5項の規定を適用する場合において、その法人に対する臨場調査、その法人
の取引先の反面調査又はその法人の申告書の内容を検討した上での非違事項の指摘等により、
当該法人が調査のあったことを了知したと認められた後に修正申告書が提出された場合の当
該修正申告書の提出は、原則として、同項に規定する「更正があるべきことを予知してされ
たもの」に該当する。
（注）臨場のための日時の連絡を行った段階で修正申告書が提出された場合には、原則として
「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当しない。
第２ 無申告加算税の取扱い
（期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があると認められる事実）
２ 通則法第65条第5項の規定を適用する場合において、その法人に対する臨場調査、その法人
の取引先の反面調査又はその法人の申告書の内容を検討した上での非違事項の指摘等により、
当該法人が調査のあったことを了知したと認められた後に修正申告書が提出された場合の当
該修正申告書の提出は、原則として、同項に規定する「更正があるべきことを予知してされ
たもの」に該当する。
（注）臨場のための日時の連絡を行った段階で修正申告書が提出された場合には、原則として
「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当しない。
第２ 無申告加算税の取扱い
（期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があると認められる事実）
１ 通則法第66条の規定を適用する場合において、災害、交通・通信の途絶その他期限内に申
告書を提出しなかったことについて真にやむを得ない事由があると認められたときは、期限
内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があるものとして取り扱う。
（期限後申告書等の提出が決定又は更正があるべきことを予知してされたと認められる
場合）
２ 第1の2の取扱いは、通則法第66条第5項の規定を適用する場合において、期限後申告書又は
修正申告書の提出が決定又は更正があるべきことを予知してされたものである場合の判定に
ついて準用する。
（無申告加算税を課す場合の留意事項）
３ 通則法第66条の規定による無申告加算税は、正当な理由がないにもかかわらず、期限内に
申告書の提出がなかったことに基づいて課されるものであるから、次のことに留意する。
（１）申告書が期限後に提出され、その期限後に提出されたことについて正当な理由があると
認められた場合において、当該申告について、更に修正申告書の提出があり、又は更正が
あったときは、当該修正申告又は更正により納付することとなる税額については無申告加
算税を課さないで過少申告加算税を課す。
（２）通則法第66条第4項により準用する第65条第4項に定める正当な理由があると認められる
事実がある場合は、第1《過少申告加算税の取扱い》による。
第３ 過少申告加算税及び無申告加算税の計算
（過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎となる税額の計算方法）
１ 過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎となる税額を計算する場合において、通則
法第65条第4項の規定により控除すべきものとして国税通則法施行令（以下「通則法令」と
いう。）第27条に規定する正当な理由があると認められる事実（以下「正当事実」という。）
のみに基づいて更正、決定、修正申告又は期限後申告（以下「更正等」という。）があった
ものとした場合の税額の基礎となる基準法人税額は、当該正当事実のみに基づいて更正等が
あったものとした場合の所得金額又は連結所得金額により計算する。
（注）正当事実のみに基づいて更正等があったものとした場合の所得金額又は連結所得金額の
計算については、平成12年7月3日付課法2－9ほか3課共同「法人税の過少申告加算税及び
無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）」の第3の1及び平成16年3月26日付課法
2－7ほか3課共同「連結法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事
務運営指針）」の第3の1による。
（重加算税について少額不徴収に該当する場合の過少申告加算税又は無申告加算税の計
算）
２ 通則法第119条第4項の規定に基づき重加算税の全額が切り捨てられる場合には、その切り
捨てられることとなった重加算税の計算の基礎となった地方法人税の額（通則法第118条第3
項の規定を適用する前の額をいう。）は、過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎と
なる税額に含まれないのであるから留意する。
第４ 重加算税の取扱い
（法人税に不正事実がある場合）
１ 法人税につき通則法第68条第1項又は第2項に規定する国税の課税標準又は税額等の計算の
基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装していた事実（以下「不正事実」
という。）がある場合には、当該不正事実は、地方法人税においても不正事実に該当するこ
とに留意する。
第５ 重加算税の計算
（重加対象税額の計算の基礎となる税額の計算方法）
１ 重加算税の計算の基礎となる税額は、通則法第68条及び通則法令第28条の規定により、そ
の基因となった更正等があった後の税額から隠ぺい又は仮装をされていない事実だけに基づ
いて計算した税額を控除して計算するのであるが、この場合、その隠ぺい又は仮装をされて
いない事実だけに基づいて計算した税額の基礎となる基準法人税額は、当該隠ぺい又は仮装
をされていない事実だけに基づいて計算した所得金額又は連結所得金額により計算する。
（注）隠ぺい又は仮装をされていない事実だけに基づいて計算した所得金額又は連結所得金額
の計算については、平成12年7月3日付課法2－8ほか3課共同「法人税の重加算税の取扱いに
ついて（事務運営指針）」（以下「法人税重加指針」という。）の第2の1及び平成16年3月
26日付課法2－6ほか3課共同「連結法人税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）」
（以下「連結法人税重加指針」という。）の第2の1による。
（不正に繰戻し還付を受けた場合の重加対象税額の計算）
２ 地方法人税法第23条第1項《欠損金の繰戻しによる法人税の還付があった場合の還付》の
規定による還付を受けた場合において、同項に規定する「同法第80条第6項の規定による還
付金の額」のうちに、不正に繰戻し還付を受けたことにより法人税に係る重加算税の計算の
基礎となる税額があるときの地方法人税に係る重加算税の計算の基礎となる税額は、当該法
人税に係る重加算税の計算の基礎となる税額に100分の4.4を乗じて計算した金額による。
（注）不正に繰戻し還付を受けたことにより法人税に係る重加算税の計算の基礎となる税額の
計算については、法人税重加指針の第2の3及び連結法人税重加指針の第2の3による。
告書を提出しなかったことについて真にやむを得ない事由があると認められたときは、期限
内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があるものとして取り扱う。
（期限後申告書等の提出が決定又は更正があるべきことを予知してされたと認められる
場合）
２ 第1の2の取扱いは、通則法第66条第5項の規定を適用する場合において、期限後申告書又は
修正申告書の提出が決定又は更正があるべきことを予知してされたものである場合の判定に
ついて準用する。
（無申告加算税を課す場合の留意事項）
３ 通則法第66条の規定による無申告加算税は、正当な理由がないにもかかわらず、期限内に
申告書の提出がなかったことに基づいて課されるものであるから、次のことに留意する。
（１）申告書が期限後に提出され、その期限後に提出されたことについて正当な理由があると
認められた場合において、当該申告について、更に修正申告書の提出があり、又は更正が
あったときは、当該修正申告又は更正により納付することとなる税額については無申告加
算税を課さないで過少申告加算税を課す。
（２）通則法第66条第4項により準用する第65条第4項に定める正当な理由があると認められる
事実がある場合は、第1《過少申告加算税の取扱い》による。
第３ 過少申告加算税及び無申告加算税の計算
（過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎となる税額の計算方法）
１ 過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎となる税額を計算する場合において、通則
法第65条第4項の規定により控除すべきものとして国税通則法施行令（以下「通則法令」と
いう。）第27条に規定する正当な理由があると認められる事実（以下「正当事実」という。）
のみに基づいて更正、決定、修正申告又は期限後申告（以下「更正等」という。）があった
ものとした場合の税額の基礎となる基準法人税額は、当該正当事実のみに基づいて更正等が
あったものとした場合の所得金額又は連結所得金額により計算する。
（注）正当事実のみに基づいて更正等があったものとした場合の所得金額又は連結所得金額の
計算については、平成12年7月3日付課法2－9ほか3課共同「法人税の過少申告加算税及び
無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）」の第3の1及び平成16年3月26日付課法
2－7ほか3課共同「連結法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事
務運営指針）」の第3の1による。
（重加算税について少額不徴収に該当する場合の過少申告加算税又は無申告加算税の計
算）
２ 通則法第119条第4項の規定に基づき重加算税の全額が切り捨てられる場合には、その切り
捨てられることとなった重加算税の計算の基礎となった地方法人税の額（通則法第118条第3
項の規定を適用する前の額をいう。）は、過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎と
なる税額に含まれないのであるから留意する。
第４ 重加算税の取扱い
（法人税に不正事実がある場合）
１ 法人税につき通則法第68条第1項又は第2項に規定する国税の課税標準又は税額等の計算の
基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装していた事実（以下「不正事実」
という。）がある場合には、当該不正事実は、地方法人税においても不正事実に該当するこ
とに留意する。
第５ 重加算税の計算
（重加対象税額の計算の基礎となる税額の計算方法）
１ 重加算税の計算の基礎となる税額は、通則法第68条及び通則法令第28条の規定により、そ
の基因となった更正等があった後の税額から隠ぺい又は仮装をされていない事実だけに基づ
いて計算した税額を控除して計算するのであるが、この場合、その隠ぺい又は仮装をされて
いない事実だけに基づいて計算した税額の基礎となる基準法人税額は、当該隠ぺい又は仮装
をされていない事実だけに基づいて計算した所得金額又は連結所得金額により計算する。
（注）隠ぺい又は仮装をされていない事実だけに基づいて計算した所得金額又は連結所得金額
の計算については、平成12年7月3日付課法2－8ほか3課共同「法人税の重加算税の取扱いに
ついて（事務運営指針）」（以下「法人税重加指針」という。）の第2の1及び平成16年3月
26日付課法2－6ほか3課共同「連結法人税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）」
（以下「連結法人税重加指針」という。）の第2の1による。
（不正に繰戻し還付を受けた場合の重加対象税額の計算）
２ 地方法人税法第23条第1項《欠損金の繰戻しによる法人税の還付があった場合の還付》の
規定による還付を受けた場合において、同項に規定する「同法第80条第6項の規定による還
付金の額」のうちに、不正に繰戻し還付を受けたことにより法人税に係る重加算税の計算の
基礎となる税額があるときの地方法人税に係る重加算税の計算の基礎となる税額は、当該法
人税に係る重加算税の計算の基礎となる税額に100分の4.4を乗じて計算した金額による。
（注）不正に繰戻し還付を受けたことにより法人税に係る重加算税の計算の基礎となる税額の
計算については、法人税重加指針の第2の3及び連結法人税重加指針の第2の3による。